Tehdasasetusten palautus¶
Nitrokey 3:n jokainen toiminto voidaan nollata erikseen.
FIDO2¶
Tehdasasetusten palautus poistaa kaikki Nitrokeyyn tallennetut salaiset FIDO2-avaimet (ja luo uudet):
- nitropiatyökalu: `nitropy fido2 reset`(suorittaminen vaatii järjestelmänvalvojan oikeudet). 
- Google Chrome: Turva-avainten hallinta suoran linkin kautta: chrome://settings/securityKeys. 
Salasanat¶
Staattiset salasanat ja kertakäyttösalasanat (OTP) voidaan nollata osoitteessa nitropy nk3 secrets reset.
OpenPGP¶
OpenPGP-kortti voidaan nollata GnuPG:llä: gpg --card-edit, sitten admin ja factory-reset.
PIV-älykortti¶
PIV-älykortti voidaan nollata seuraavalla komennolla:
opensc-tool -s 00:A4:04:00:0B:A000000308000010000100 -s 00:20:00:80:08:FFFFFFFFFFFFFFFF -s 00:20:00:80:08:FFFFFFFFFFFFFFFF -s 00:20:00:80:08:FFFFFFFFFFFFFFFF -s 00:FB:00:00